Wird in Laboratorien, Produktionsanlagen, Gewächshäusern oder anderen geschlossenen Systemen mit gentechnisch veränderten oder mit pathogenen Organismen gearbeitet, so müssen Massnahmen zum Schutz von Mensch und Umwelt ergriffen werden. Diese sind in der Einschliessungsverordnung und in der Verordnung über den Schutz der Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer vor Gefährdung durch Mikroorganismen festgelegt.

Jene Tätigkeiten mit gentechnisch veränderten oder pathogenen Organismen, bei denen ein mässiges (Klasse 3) oder hohes Risiko (Klasse 4) besteht, sind bewilligungspflichtig. Für die Beurteilung der Gesuche holt die zuständige Bundesbehörde eine Stellungnahme der EFBS ein. Diese Stellungnahmen sind in der Regel nicht öffentlich.

Ausserdem gibt die EFBS Empfehlungen ab für den Umgang mit gentechnisch veränderten oder pathogenen Organismen. Sie äussert sich beispielsweise zu Klassierungen verschiedener Organismen und beurteilt Sicherheitsmassnahmen.